اختلافات علی کریمی با مربیان خود به سریالی تکراری در سال‌های گذشته فوتبال ایران تبدیل شده است. در سال‌های گذشته کمتر تیمی بوده که کریمی در آن بازی کند و با مربی‌اش به مشکل برنخورده باشد.
او فقط در مقطعی که به فوتبال اروپا رفت خود را بازیکنی مطیع نشان داد و در سایر مقاطع کریمی نسبت به مربیان خود یک یاغی تمام‌عیار بوده است. اعتراض به محل تمرین، نوع غذا و حتی بازی دادن بازیکنی یا بازی ندادن بازیکن مورد علاقه‌اش عوامل اختلاف این ستاره فوتبال با مربیان خود بوده است. در طول فوتبال کریمی کمتر مربی‌ای بوده است که تا انتهای کار رابطه خوبی با این بازیکن تاثیرگذار داشته باشد.
برخی مربیان همانند بلاژویچ شرایط را می‌پذیرفتند و بدخلقی‌های او را تحمل می‌کردند به طوری که چیرو میز شام که باب میل کریمی نبود را تعطیل کرد و کل تیم را به خواسته ستاره تیمش به مک دونالد برد. اما خیلی‌ها مثل بلاژویچ نبودند و تحمل رفتارهای کریمی را نداشتند که باعث جنجال‌های بزرگی در فوتبال ایران شد. مروری بر کارنامه اختلافات کریمی با مربیان خود نشان می‌دهد او کمتر با مربیان خود رابطه خوب و دوستانه‌ای داشته است.
برانکو؛ لگد به ساک پزشکی
تیم ملی به جام جهانی رفته بود و خود را برای بازی‌های نهایی در آلمان آماده می‌کرد. پیش از بازی‌های جام جهانی تیم قصد سفر به کرواسی را داشت که برانکو تصمیم گرفته بود بازیکنان ساعت 2 بامداد در لابی هتل حضور داشته باشند و پس از سه چهار ساعت تیم به فرودگاه برود. همه بازیکنان در لابی حضور داشتند. کریمی هم در کنار سایر بازیکنان بود. او پس از مدتی شروع به اعتراض کرد و صدایش بلند شد. به سمت برانکو رفت و با صدای بلند از او توضیح خواست: «چرا ما را به هتل آوردی؟ مگر ما بیکاریم که سه چهار ساعت در هتل بنشینیم؟ می‌گفتید خودمان می‌آمدیم فرودگاه!» برانکو هم به صراحت پاسخش را داد: «این تصمیم من است. هر کس اعتراض دارد در تهران بماند. من نباید به بازیکن پاسخگو باشم.»
این جر و بحث با وساطت فرکی و شاهرخی به پایان رسید اما سرآغاز جریانات اختلاف کریمی با برانکو در جام جهانی بود که در نهایت پس از تعویض در بازی با پرتغال با لگد به ساک پزشکی به پایان رسید. کریمی در آلمان یکی از دوره‌های یاغی‌گری خود را پشت سر گذاشت که شاید بحرانی‌ترین دوران او بود. او یک بار توسط برانکو از اردو اخراج شد اما محمد دادکان او را به هتل برگرداند و حاصلش لگد ماندگار کریمی به ساک پزشکی بود.
امیر قلعه نویی؛ پای تخته
امیر قلعه نویی از آن دسته مربیانی بود که بدخلقی‌های بازیکنش را تحمل می‌کرد و اختلافی با کریمی نداشت تا این‌که در جام ملت‌های مالزی و در جلسه آنالیز، پیش از آمدن قلعه‌نویی به جلسه کریمی پای تخته رفت و ادای قلعه‌نویی را در آورد! البته قلعه‌نویی واکنشی به این رفتار از خود نشان نداد تا حاشیه‌ای برای تیمش به وجود نیاید.
علی دایی؛ خداحافظی از تیم ملی
در دوران بازیگری همه می‌دانستند رابطه دایی و کریمی خوب نیست. این دو از دو گروه مختلف در تیم ملی بودند که کمتر زمانی رابطه آنها صمیمی شد. در دوران مربیگری دایی در تیم ملی او در لیست خود علی کریمی را دعوت کرد. اتفاقی که آینده خوبی برای هر دوی آنها نداشت. دایی تیم ملی را برای اردو به اردبیل برد و کریمی هم از امکانات بد اردو به شدت انتقاد کرد و اردبیل را در شان تیم ملی ندانست. اختلاف دایی و کریمی دوباره شروع شد و این بار در قامت مربی - بازیکن. رفتار کریمی با واکنش تند مسئولان تیم ملی همراه شد و کریمی در پاسخ به این رفتار در بیانیه‌ای تند از تیم ملی خداحافظی کرد. او اگرچه به تیم ملی برگشت اما تا پایان دوران دایی در تیم ملی جایی نداشت.
افشین قطبی؛ کمپی کنار گاوداری
با حضور قطبی در تیم ملی دوباره کریمی ملی‌پوش شد. اما اردوی اتریش اختلاف او و قطبی را هم آغاز کرد. اردویی که در آن خبری از کولر نبود و نزدیک به یک گاوداری و چوب‌بری بود. کریمی اولین بازیکنی بود که به این وضعیت اعتراض کرد. او یک روز صبح در حضور تمامی بازیکنان رفتار بسیار تندی با قطبی داشت و حاضر نشد با تیم تمرین کند. قطبی پس از بازگشت از اردوی اتریش همان کاری را با کریمی کرد که دایی انجام داده بود. او را از تیم ملی خط زد و تا زمان حضور قطبی او دیگر پیراهن تیم ملی را نپوشید.
خاکپور؛ اخراج از استیل‌آذین
اوج درگیری‌های کریمی در استیل‌آذین بود که ابتدا با سردار آجورلو دچار مشکل شد و یکی از عوامل اصلی جدایی آجورلو از استیل‌آذین جادوگر ناراضی فوتبال ایران بود. اما کار به همین جا ختم نشد. کریمی در ادامه کار در استیل‌آذین توسط خاکپور از تیم اخراج شد. او برای بازی در تیم الاهلی مقابل میلان حاضر نشده بود از کسی در باشگاه اجازه بگیرد و همین مساله باعث اخراج او از استیل‌آذین شد.
سناریوی آخر؛ اعتراض به ارنج دنیزلی
روزی که در رختکن با محمد نصرتی درگیر شد و این درگیری جلوی چشمان دنیزلی رخ داد جرقه‌هایی در ذهن دنیزلی بوجود آمد که کریمی همان خداداد پاس است و فعلا باید تحملش کرد، چون تیم به او نیاز دارد. اما انتقاد از ترکیب تیم آن هم مقابل خبرنگاران اختلافات را کاملا نمایان کرد. کریمی و دنیزلی به پایان خط رسیده‌اند و در فصل آینده به طور حتم فقط یکی از آنها در پرسپولیس می‌ماند. دنیزلی آخرین مربی است که کریمی با او دچار اختلاف می‌شود. اختلافی که می‌تواند او را از پیراهن قرمز دور کند